La lutte physique englobe toutes les formes de lutte mécanique ou manuelle et doit s’adapter à chaque plante.
Pour lutter contre l’invasion d’une petite population, l’arrachage à la main reste le plus fiable. C’est la méthode sélective la plus douce applicable à un écosystème fragile. Pour l’Ambroisie (carte d’identité, la même que sur l’atlas), il est nécessaire d’arracher (avec des protections) la plante avant que la fleur ne pousse.
Pour les plantes davantage vivaces, il faut absolument arracher toute la plante pour éviter que certains fragments restants ne se dispersent et recolonisent l’habitat. Cette méthode s’effectue avec des gros engins. La méthode mécanique est plus appropriée mais peut s’avérer coûteuse et longue. Cela peut être efficace mais a aussi ses limites. Cet arrachage peut causer des dommages environnementaux.
La dernière forme de lutte physique est la fauche, elle doit se réaliser avant la production de graines : à la floraison. Si elles sont réalisées trop tôt, certaines plantes peuvent faire naître de nouvelles ramifications directement à la souche.
A Tours, un dispositif de bâteau a été mis en place pour lutter contres les plantes invasives. Voir la vidéo sur la Nouvelle République.

Les perturbations ou l’artificialisation des écosystèmes favorisent la prolifération des espèces invasives. Cette méthode consiste donc en l’arrêt de ces perturbations ou la renaturation des milieux naturel pour contenir ou limiter les espèces invasives. Les actions possibles :

• Arrêt de l’écobuage : lutter contre l’expansion de Senecio inaequidens,
• Restauration de ripisylves : limiter l’invasion des Fallopia,
• Restauration des milieux alluviaux : limiter l’invasion des Fallopia,
• Assèchement temporaire et salinisation des plans d’eau : lutter contre la Jussie,
• Limitation des terrains vagues péri-urbains : contenir la prolifération d’Ambroisia artemisiifolia,
• Limitation des monocultures de tournesol : contenir la prolifération d’Ambroisia artemisiifolia,
• Amélioration de la qualité trophique de l’eau : restreindre le développement d’espèce invasives eutrophes comme l’Elodea nuttallii.

L’efficacité de cette méthode est seulement perceptible plusieurs années après leur mise en place. Des interventions spécifiques de contrôle doivent être prévues tant que l’équilibre des milieux n’est pas rétabli. Cette lutte s’inscrit dans une approche globale d’aménagement du territoire et de développement durable.

La lutte préventive consiste à empêcher, limiter ou à interdire l’introduction d’espèces invasives. Les actions possibles sont de l'ordre :

• Éducatif,
• Réglementaire.

C’est la démarche la plus efficace et la moins coûteuse.