Les activités nautiques exercent diverses pressions sur le milieu physique. Les fonds des cours d’eau et les berges sont ainsi des éléments qui peuvent être dégradés.

Lors de la pratique du canoë ou du paddle, les embarcations ou les flotteurs peuvent : racler les fonds lorsque la profondeur du courant est insuffisante, ou le piétiner lors des échouages, altérer les berges lors des opérations d’embarquement – débarquement ou provoquer un tassement du sol et de l’érosion lors des échouages.

L’activité de bivouac implique des problèmes de stabilité et d’érosion par l’aplanissement des terrains et la création de trous.

Les opérations d’embarquement - débarquement mobilisant les berges, entraînent une destruction localisée de la végétation. De plus, par l’installation de tentes et le piétinement des campeurs, la végétation du sol des bords de Loire est amenée à être dégradée.

Les activités sur les bords de Loire peuvent entraîner la pollution des sites par la non-récupération des déchets après une pause technique ou un bivouac.

Outre ses impacts sur le milieu physique, les activités de loisir génèrent du bruit dans un environnement sauvage et éventuellement la destruction d’habitats ce qui peut perturber la faune locale. Les berges de la Loire sont le berceau de la ponte des œufs dans le sable pour certaines espèces emblématiques, dont la sterne naine et la sterne Pierregarin.

Lors de la forte période d’affluence touristique de fin mars à septembre, pendant laquelle ces espèces sont en nidification, les activités sur les berges sont à l’origine de la destruction d’un grand nombre d’œufs. Pour éviter cela, une campagne de sensibilisation a été lancée pour ne pas déranger les sternes lors de la période de nidification.

L’action mécanique générée par les activités nautiques provoque une remise en suspension des algues et du limon, ce qui trouble l’eau et engendre des colmatages et, à terme, une réduction ou destruction de la végétation aquatique.

Les activités nautiques avec le raclement du fond et l’agitation générée par les passages, peuvent entraîner la perturbation des périodes de reproduction car les graviers abritent la ponte des poissons et les jeunes alevins aux stades primaires de leur vie. Elles peuvent aussi déranger la faune en entraînant la fuite, le changement de comportement alimentaire ou le changement de territoire de l’animal par la modification de la structure, de la composition et de la stabilité du substrat.

Certaines espèces, notamment les écrevisses, sont sensibles au piétinement et sont retrouvées écrasées suite au passage des nageurs.